日本軍隊1937年12月13日攻佔南京城之后，開始大規模的屠殺，強姦，縱火及搶劫等反人類罪行，這就是時至今日還在影響中日關系的“南京大屠殺”。中國說有多達30萬中國人被日本軍隊屠殺，日本承認“有殺害過非軍事戰斗人員和掠奪等行為，可是對被殺人數則愛暖不清。日本學界對被殺害人數有的說是20萬，有的說4萬或2萬不等。
更有一些日本人根本不承認南京大屠殺曾發生過，這些“否認派”獲得日本政商界的一些人支持。
1947年，遠東國際軍事法庭和南京軍事法庭都認為南京大屠殺有超過20萬中國人被日軍屠殺。
不過，無論如何大多數的學者都不否認南京大屠殺事件的存在事實。
中國為了要記念南京大屠殺事件，現在已得到聯合國同意，把這宗歷史慘案列入“聯合國世界記憶”文獻裡。
但日本獲悉這件事竟大表不滿，並宣佈停止撥出44億日元（100日元約等于4令吉）以資助聯合國教科文組織。
“沒真正悔過”
日本外長岸田文雄証實這項消息，不過卻否認這跟南京大屠殺事件有直接關連。
南京大屠殺其實是中日兩國之間最敏感的問題之一，北京也經常指責日本沒有對二戰的暴行真正悔過。
日本這次對聯合國把南京大屠殺列入文獻裡顯然是惱羞成怒，不過相信中國會再一次指責日本沒有對二戰暴行真正悔過。
日本顯然無法提出強有力的理由來反對聯合國的決定， 只是要求聯合國不要把事件 列入文獻裡，並指責聯合國教科文組織把事件政治化。
中國已拒絕日本有關抗議，一些民間組織目前正嚐試把成千上萬份跟日本逼婦女當慰安婦的文件列入聯合國文獻裡。
聯合國是在1992年開始收集有關的文件，宗旨是要保存人類文件遺產，到目前為止，已收集到348件有關的文件和檔案。