金庸曾經有過三段婚姻，1948年與杜治芬結婚，後離婚，1956年再娶。第二任妻子名為朱玫，新聞記者出身，生二子二女。1976年金庸與朱玫感情破裂，主動提出離婚，並娶年輕29歲的林樂怡為妻。
金庸第一任妻子杜冶芬，相識於1947年的杭州，當時金庸在《東南日報》工作，因主編幽默副刊而與杜冶芬的弟弟杜冶秋認識。金庸編理《咪咪博士答客問》欄目，杜冶秋寫了一封信去。金庸於是登門拜訪，邂逅了17歲的杜冶芬。
金庸隨後應聘於《大公報》擔任國際電訊編輯。金庸被公派南下香港前夕，他匆忙趕到杭州，正式向杜家提親。1949年的早春，兩人的婚禮在上海舉辦。婚後不久，杜冶芬也去了香港，杜冶芬因為不會粵語無法找工作，生活過得不愉快。1953年兩人辦理了離婚手續。
1956年5月1日，金庸再次走進了婚姻殿堂，第二任太太朱枚外表典雅而秀麗。她畢業於香港大學，有很高的英語水平，而且意誌堅強，是一個敢打敢拚、風風火火的事業型知識女性。
與次妻創辦《明報》
1959年，夫婦倆合作創辦了《明報》，金庸任主編，朱枚是唯一的女記者，工作緊張而又艱苦。當時朱枚除了照顧4個孩子，幾乎每天從家中送飯給金庸。《明報》王國頗具規模的成功之時，他們的婚姻卻出現了裂痕。
朱玫後來發現丈夫有外遇。有傳金庸主動提出離婚，但朱玫也提出兩大離婚條件，才肯答應跟金庸離婚：一是金庸付一筆錢作為補償；二是該女侍應要去紮輸卵管，才可與金庸結婚。朱玫要這位女侍應紮輸卵管，是為她的孩子著想。因為朱玫跟金庸已生了數名子女，若女侍應又有孩子，她的子女一定會被忽視，之後便與朱玫正式離婚。
朱枚隨後在孤獨和貧困中度過餘生，1998年11月8日病死在香港灣仔律敦治醫院，年僅63歲。金庸曾經臉帶愧色地說過：“我對不起朱枚，我作為丈夫並不成功，我心裏感覺對不起她！”
金庸現任妻子林樂怡，容貌清麗脫俗，比金庸年輕29歲。再婚後，金庸曾送小嬌妻到澳洲留學。辭去《明報》集團董事長後，金庸始終保持著低調的生活準則。有人問金庸如何經營“忘年之交”的婚姻，他笑著說:“雖然例子不多，但還是可以的，最重要的是互相尊重。平時她什麼都很遷就我，到她發脾氣時，我便忍住不回嘴。跟她的關係不算特別成功，又不算很失敗，和普通夫妻一樣。”
長子自殺 心中永遠的痛
在金庸的兒女中，大兒子查傳俠大概是最具有父親遺傳基因的孩子了。傳俠還在牙牙學語時，金庸就開始教他《三字經》。傳俠4歲時能背誦全本《三字經》，6歲時背誦《增廣賢文》，大家都叫他“小神童”。
金庸對查傳俠的感情很深，認為這個兒子有可能會像自己一樣，文采出眾，以後也會繼承自己的事業。查傳俠11歲時，就開始發表文章，他的作文《我的人生是為了什麼》，令班主任印象深刻。
查傳俠和母親的關係不好，因為朱玫經常大發脾氣，動輒和丈夫吵鬧，也聽不進兒子的多次苦勸，以至於有一段時間查傳俠不再理她。目睹了父母的不和後，查傳俠覺得自己生活在這樣一個家庭裏很悲哀，對人生充滿了種種悲觀的想法。
查傳俠14歲時寫過一篇文章，說人生大苦，了無意味，有出世思想。有人看過後說應該阻止孩子這樣想問題，金庸卻覺得兒子是對的，他甚至誇獎兒子早慧，思想深刻。金庸萬萬沒有想到，兒子因“早慧”而斷送了性命。1976年10月，正在美國讀大學一年級的查傳俠因為與女朋友在電話裏吵了幾句，一時衝動，自縊而亡。那一年，他還不滿20歲。
這是金庸心中永遠無法彌合的傷痛。關於查傳俠自殺的原因，有種說法是與父母離婚有關。2004年9月，金庸曾痛苦地回憶：“我記得接到大兒子在美國過世的消息後，好灰心，好難過；但那天還要繼續在報館寫社評，一面寫就一面流淚，一直都很傷心，還是要寫。”後來，金庸親自把兒子的骨灰捧回香港安葬。
次子當美食指導 女兒是小龍女原型
金庸的二兒子叫查傳倜，有一個體態圓渾的光頭，長得酷似金庸。後來，金庸送傳倜去英國讀書，他選讀了會計，他認為“會計隻要將數字填入固定的框框便會算出答案，最適合懶人讀”。回香港後，金庸把他調到自己的明河出版社當副經理，做些出版管理方面的工作。
因為對川菜、粵菜、印度菜、法國菜很有研究，查傳倜師承金庸好友蔡瀾，目前在深圳一家高級酒樓當美食指導。很快，查傳倜吃出了名。於美食有心得之後，他便師承美食家兼專欄作家蔡瀾，為報章雜誌寫食評，自號“八袋弟子”。所謂“八袋”是指柴、米、油、鹽、醬、醋、茶、酒，意思是要嚐盡天下美食。
大女兒雙耳失聰
2001年初，“食家菜”餐館在香港開張了。為了鼓勵兒子，金庸獨自一人來到餐館“捧場”。香港巨星級人物比如張國榮、梅豔芳、沈殿霞都曾到他的餐館吃飯。
金庸《神雕俠侶》中的“小龍女”一名曾經是屬於他的大女兒查傳詩的，金庸以“小聾女”稱呼她。貌美聰穎的傳詩5歲時，金庸帶著妻子兒女到新加坡暫避奔波中，傳詩著涼高燒不退，一家小醫院醫生給她打了一針慶大黴素，導致雙耳失聰。
1982年，金庸將傳詩送到加拿大多倫多市的約克大學就讀。1988年5月，查傳詩嫁給了當時的《明報晚報》總編輯趙國安。如今，查傳詩已經是3個孩子的媽媽，現在是在中國一家財經電台當總監。
小女兒查傳訥從樹仁書院畢業，然後比姐姐還早一年出嫁，嫁給了醫生吳維昌，育有兩個女兒一個兒子，家庭生活幸福美滿。
據倪匡爆料，“小龍女”原型不是長女查傳詩，而是金庸的小女兒查傳訥。查傳訥從小喜歡畫畫，有這方面的天賦，也很勤奮。2011年5月查傳訥在香港視覺藝術中心舉辦了個人畫展，金庸曾親臨現場，剪彩捧場。
